In Het glazen huis is Minke naar de Molukken verbannen. De nationalistische beweging komt in een stroomversnelling terecht. Douwager, Mas Tjokro, Sneevliet en Samoen – allen min of meer succesvol in hun pogingen het koloniale gezag te ondermijnen – bevinden zich in een glazen huis: al hun bewegingen worden gevolgd door Pangemanann die, in opdracht van de gouverneur-generaal van Nederlands-Indië, de groeiende onrust op Java in de gaten moet houden. Deze specialist in inlandse zaken, geboren in Menado en opgevoed in Frankrijk, is een verscheurd mens. Enerzijds wil hij loyaal blijven aan de gouverneur-generaal, anderzijds voelt hij een groeiende sympathie voor Minke en de mensen die na hem komen. De offers die hij moet brengen, zijn groot. Hij wordt door zijn Franse vrouw verlaten, wordt bezocht door geestverschijningen en raakt aan de drank.
Als Minke na een aantal jaren uit zijn ballingschap terugkeert, is het aanzien van Java totaal veranderd. De pionier van de nationalistische beweging, een jaar of zeven eerder nog een gevierd man, blijkt bijna vergeten.
Hij sterft eenzaam en verlaten in Batavia.